Từ năm 2019 (theo Nghị quyết 31/NQ-CP của Chính phủ), xã Phong Mỹ có 9 thôn, 2 bản:

1. Thôn Lưu Hiền Hoà
2. Thôn Tân Mỹ
3. Thôn Phước Thọ
4. Thôn Hoà Bắc
5. Thôn Huỳnh Trúc
6. Thôn Hưng Thái
7. Thôn Đông Thái
8. Thôn Phong Thu
9. Thôn Phú Kinh Phường (được bàn giao từ xã Hải Phong, huyện Hải Lăng, tỉnh Quảng Trị)
10. Bản Hạ Long
11. Bản Khe Trăn